В один из осенних дней 2003 года российские войска проводили «зачистку» в Октябрьском районе Джохара по месту проживания семьи Атуевых. Без предъявления обвинительных документов, не мотивируя свои действия, сотрудники российских спецслужб подвергли необоснованному аресту Атуева Шамхана 1982 года рождения. Похищению сына пыталась воспрепятствовать мать Шамхана, которая была жестоко избита военнослужащими. После оскорблений и избиений преступники в форме открыли беспорядочную стрельбу из автоматов и пулеметов, в результате чего был смертельно ранен и впоследствии скончался отец Шамхана.

После непродолжительных поисков родственникам удалось установить место содержания похищенного и впоследствии выкупить у российских оккупантов основательно избитого Шамхана, к которому применялись пытки. Цена за выкуп составила 800 долларов. После случившегося Атуев Ш. выехал за пределы Чечни, в Азербайджан. Здесь он стал на учет в Бакинском офисе Управления Верховного Комиссара ООН  (УВКБ ООН), который 27 января 2004 года выдал ему временный статус беженца Ref. № AZ/03/5045.

При отсутствии всякой помощи от родственников и Управления Верховного Комиссара ООН, Шамхан влачил жалкое существование, ночуя у различных знакомых, и как попало питаясь. Но вскоре такая жизнь стала ему совершенно невмоготу, и в мае 2004 года Шамхан Атуев вынужден был вновь вернуться в Чечню, где он надеялся выжить с помощью родственников, хотя друзья предупреждали об опасности его возвращения. Чтобы предостеречь себя от опасностей и надеясь на спокойную жизнь, Шамхан поселился у своих родственников в Надтеречном районе на севере Чечни.

Но и здесь его подстерегали опасность. 24 ноября 2004 года Атуев Шамхан вновь был захвачен и пропал без вести. С тех пор о Шамхане нет никаких известий. По неподтвержденным данным Атуев Ш. содержался в концлагере в селе Толстой-юрт, а впоследствии перевезли на базу российских оккупационных войск Ханкала.